故事讲述：作为糖果世界的精灵，棒棒和糖糖原本是分开的。他们的主要职责就是守护糖果世界国王送给公主生日礼物的一颗魔法树种。可是因为两人极端的个性反差，终于有一天激烈的争吵酿成恶果，使得魔法树种遗失到了人间的公孙家（也就是剧中的棒棒堂）。作为惩罚，糖果世界的最高法院将两人合二为一，并命令他们到人间来找到遗失的糖果树种。在人间，他们发现魔法树种遗失到一个叫做棒棒堂的私塾，私塾的老师就是公孙先生。魔法树种在公孙先生的祖辈就落到了他家院子里，长成了现在的棒棒树，公孙家族一直将此奉为镇宅之宝，一直到公孙成为私塾先生的今天还是这样。棒棒糖糖找到公孙先生后，表明了要带走棒棒树的愿望，但是公孙先生不愿意，经过协商，公孙先生答应将棒棒树还给他们，但作为交换，棒棒糖糖必须改变公孙先生的六个极具性格缺陷、没有任何学校愿意收的问题学生，使其成才达成各自的理想。于是，利用棒棒树的神奇魔力，棒棒糖糖实现6个问题学生各自梦想的挑战正式开始了。

　　《棒棒堂》采用二维+三维无纸动画制作技术，极具吸引力的动画表现形式。以寓教于乐的方式融趣味性与教育意义于一体。