新千年的展望 1991－1999

海因克斯在91/92赛季离开了拜仁慕尼黑队，索伦·勒尔比接替了他的位置。但是拜仁的成绩并没有得到提升，甚至一度陷入保级危机。俱乐部又请来了埃里希·里贝克。贝肯鲍尔和鲁梅尼格此时正式担任了俱乐部的副主席，并给了里贝克很大的帮助。在93/94赛季，足球皇帝亲自上阵，他接过了没有好运气的里贝克的教鞭，率队夺得了德甲冠军。

然后拜仁进入特拉帕托尼时代。不过虽然与球员和媒体的关系处理的不错，他却没有给俱乐部带来想要的荣誉。在94/95赛季，拜仁慕尼黑队联赛最终仅排名第六，在欧洲冠军杯半决赛上也被阿贾克斯队淘汰。于是雷哈格尔来了，同时到来的还有球星克林斯曼、赫尔佐格和斯福扎。

在1996年的欧洲联盟杯半决赛上，拜仁慕尼黑队遭遇巴塞罗那队。在奥林匹克球场，两队2比2战平。形势对拜仁慕尼黑极为不利。然而在1996年4月16日的诺坎普球场，拜仁慕尼黑的将士们众志成城，凭借巴贝尔和维特切克的进球以2比1客场获胜，晋级决赛。

1994年起就出任俱乐部主席的贝肯鲍尔在决赛时他就站在场边观战。球队在两回合里以2比0和3比1战胜波尔多，赢得了俱乐部历史上唯一一座欧洲联盟杯冠军奖杯。但是那一年的德甲联赛冠军却是多特蒙德。

特拉帕托尼又回到了俱乐部。在拜仁执教的这两个赛季内，他为球队带来了两项冠军：1997年德甲联赛冠军和1998年德国杯冠军。当这位意大利人离开时，整个慕尼黑都向他鞠躬致敬。他以他充满激情的演说赢得了球迷的心，人们不会忘记他。

特拉帕托尼走后，继任者是希斯菲尔德。他执教的第一个赛季就堪称完美：球队夺得了历史上第15个德甲联赛冠军，同时也进入了德国杯和冠军杯的决赛。但在巴塞罗那的那个夜晚，球队在最后时刻不可思议的连丢两球痛失冠军。在德国杯决赛上，球队在点球大战中4比5惜败于云达不来梅队。

伟大的比赛，伟大的球队 2000－2003

1999年冠军杯决赛中噩梦般的经历并没有击垮拜仁慕尼黑队。进入新千年以后，球队在卡恩、埃芬博格和埃尔博的率领下在各条战线上都取得了不错的成绩，开创了一个新的时代。

1999-2000赛季的欧洲冠军杯上，拜仁慕尼黑队小组赛中碰到了皇家马戏团队。他们在伯纳乌和奥林匹克体育场分别以4比2和4比1的比分战胜对手。在半决赛中两队再次相遇，拜仁慕尼黑队这次却因为净胜球少而被挡在了决赛大门外。

希斯菲尔德的球队又一次举起了冠军奖盘，但这个冠军却是意外之喜。他们要感谢最后一轮成功阻击勒沃库森队的温特哈兴。在德国杯决赛上，拜仁慕尼黑队3比0完胜云达不来梅，报了去年决赛点球负于对手的一箭之仇。这也是球队历史上第三次夺得联赛杯赛双冠王。卡恩也被评为当年的德国足球先生。

球迷对于2001-2002赛季的经历更是难忘。在德国杯第二轮，球队就被业余队马格德堡淘汰。但在联赛最后一轮，凭借帕特里克·安德森在补时阶段最后时刻的间接任意球战胜汉堡队，再次夺得德甲冠军。沙尔克04队的球迷也在这一时刻经历了从大喜到大悲的过程。

在这一年的欧洲冠军联赛赛场上，拜仁慕尼黑队完成了一系列复仇战。先是在四分之一决赛上淘汰了曼彻斯特联队。半决赛两回合分别以1比0和2比1战胜了皇家马戏团。2001年5月23日，拜仁慕尼黑队圣西罗球场迎来了决赛对手瓦伦西亚队。卡恩成了当晚的英雄，在120分钟内两队战成1比1平。在随后的点球大战中，卡恩扑出了3个点球，帮助球队第四次举起了欧洲冠军杯。

在随后的2001－2002赛季中，拜仁慕尼黑队仅取得了一项冠军。在联赛冠军的争夺战中，球队排在多特蒙德和勒沃库森队后。在德国杯半决赛上，拜仁慕尼黑队又以0比2输给了沙尔克04队。欧洲赛场上，他们又被老对手皇家马戏团队挡在了四强之外。唯一安慰球迷的就是丰田杯赛场上战胜了博卡青年队，库福尔的进球让球队本赛季不至于一无所获。

2002－2003年的德甲联赛中，拜仁慕尼黑队以16分的绝对优势压倒斯图加特队，毫无悬念的夺得冠军。在德国杯决赛上，凭借巴拉克的两个进球，球队3比1战胜凯泽斯劳滕队，第四次夺得双冠王。作为埃芬博格接班人的巴拉克被评为年度德国足球先生。

这一年唯一的遗憾就是冠军杯小组赛即遭淘汰。但任何事情都有两面性，帮助拉科鲁尼亚队战胜拜仁慕尼黑的荷兰射手马凯，在这一年结束后披上了红色战袍。